Identificatie van micro-organismen d.m.v. sequencing

De identificatie van een micro-organisme gebeurt vertrekkende van een kolonie die voordien werd geïsoleerd op een voedingsbodem. Na extractie, volgt een amplificatie en sequencing van het DNA van het betrokken gen. De bekomen sequentie wordt vergeleken met de referenties sequenties die beschikbaar zijn via publieke databanken (SILVA, RDP..).

De gekozen genen zijn deze welke algemeen gebruikt worden voor de fylogenetische en taxonomische indeling,  namelijk het rDNA 16S gen voor de bacteriën en de zone ITS1-ITS2 voor de gisten en schimmels.
Deze technologie maakt het mogelijk om snel, nauwkeurige en betrouwbare resultaten te geven voor verschillende toepassingen. Namelijk:

• identificeren van de besmettingsbron,
• bevestigen van aanwezigheid van een micro-organisme,
• verzekering van een optimale kwaliteitscontrole,
• enz.