Identification de micro-organismes par séquençage

L'identification d'un micro-organisme se fait au départ d'une colonie préalablement isolée sur gélose. Après extraction, l'ADN  d'un gène cible est amplifié et séquencé. La séquence obtenue est comparée avec l'ensemble des séquences de références  accessibles via différentes bases de données publiques (SILVA, RDP..).

Les gènes ciblés sont ceux qui sont communément utilisés pour la phylogénie et la classification taxonomique, à savoir le gène de le rDNA16S pour les bactéries et la région ITS1-ITS2 pour les levures/moisissures.
Cette technologie permet de donner des réponses rapide, précise et fiable  dans diverses applications. Elle permet notamment:

• d’identifier l’origine d’une contamination,
• de confirmer la présence d’un microorganisme,
• d’assurer un contrôle qualité optimal,
• etc.